植物
四姑娘山地區的植物主要是喜馬拉雅—橫斷山系的植物物種。由于海拔高差大，形成了植被垂直分布的獨特特征：海拔2700米到3200米，是高山峽谷型植物；海拔3200米以上是高原型物種。
主要植被群落有：四川紅杉林、中國沙棘林、方枝柏林、香柏叢林、冷杉云杉林、紅樺林、川楊林、皂柳林等等。其中很多是國家級和省級保護植物。
四姑娘山景區內分布有40多種古老珍稀的特色植物，400多種野生花卉，其中受保護的有：狹葉瓶草、獨葉草、四川牡丹、桃兒七、岷江柏木、大葉柳等等。
藥材
蟲草：名貴中藥材，能保肺補腎，秘精益氣；治虛癆咳嗽，咯血多汗，陽痿遺精，腰膝疼痛等癥。四姑娘 山景區的蟲革采挖時節在4－5 月份，日隆鎮上售價為5元/根左右。
貝母：貝母是潤肺消炎、鎮咳化痰的名貴藥材。貝母的采挖季節在每年的6月中旬。購買貝母時，以顆粒小而飽潤、色白、嘴尖、屁股圓者為上品，尤以豌豆大小的為佳，俗稱“珍珠貝”。在日隆鎮上有售，價格在20元/兩左右
雪蓮花：雪蓮花為菊科植物，高不盈尺，全身灰白，藥用價值很高，能壯腎陽、調經血、強筋骨、祛風。雪蓮花淚，更兼清熱解毒，血氣雙補，是治療熱病以及婦科雜病的良藥。雪蓮花在日隆鎮、雙橋溝景區均有出售，價格在每捆（約5－10 朵）10 元左右。
人參果：人參果塊莖呈紫紅色，圓形，葫豆大小。成熟于秋季，8、9月份是其采摘的時節。人參果含有大量的淀粉和維生素，味略甘甜，具有豐富的營養價值。當地居民將人參果煮熟后舀進碗里，淋上酥油汁，伴上白糖食用，稱為“人參果飯”一般用于招待尊貴的賓客。
羌活：能解表散寒，祛濕止痛，善治脊、項、頭．背的上半身疼痛，日隆鎮上售價比較使宜，干羌活每公斤價格在16元左右。
木香：能行氣止痛，疏肝理氣，治療脾胃氣滯所致的食欲不振，食積不化。以根條均勻、質堅買、香氣濃郁為佳。在每年的9、10 月份采挖。日隆鎮售價在10元公斤左右。
紅景天：具有消肺止咳、止血散瘀的功效。在日隆鎮及雙橋溝內都有出售，價格便宜，晾干的紅景天在60－80元/公斤左右。另外，四姑娘山還出產當歸、防風、獨活、知母、伸筋草、黨參、土茯苓、天麻等各種中藥材幾十種。
菌類
四姑娘山景區盛產多種名貴野生菌類，其中比較名貴的有松茸、羊肚菌、牛肝菌
、猴頭菌等。其他野菌有鵝蛋菌、青岡菌、老婆菌等。
松茸：學名松口菌，名貴食用菌。7－9月出產。營養豐富，含有蛋白質、氨基酸、多種維生素、碳水化合物和礦物質等有效成分。據有關資料顯示，松茸還含有豐富的蘑菇多糖，有抗癌效用，深受日本人喜愛。
羊肚菌：著名的野生食用菌。因其外形似羊的肚子而得名。營養豐富、味道鮮美。是“十分好的蛋白質來源”并有“素中葷”的美稱，還是主治消不良、痰多氣短的良好中藥。其營養成分可與牛乳、肉和魚粉相當。分布于全景區林帶。
牛桿菌：牛肝菌分白、黃、黑三種。食用方法相同，味道亦近似。5－10月出產。菌體肥大，肉質細嫩，含蛋白質高，在西歐各國被推為著名的營養食品，是菌類中換匯率較高的暢銷商品。分布于松櫟混交林中，或砍伐不久的林緣地帶。
猴頭菌：是鮮美無比的山珍，菌肉脆嫩、香醇、可口，有“素中葷”之稱，是一種珍貴的食用菌，八九月出產，因似乖巧機靈的金絲猴而得名。營養豐富，含有多肽及多醣類，以及人體需要的多種維生素，分布于全景區林帶。
鵝蛋菌：著名食用菌。據記載，羅馬帝國愷撒大帝最喜食此菌，故有愷撒蘑菇之稱。此菌是樹木的外生菌根菌，與云杉、冷杉、山毛櫸、櫟等樹木形成菌根。夏秋季在林中地上散生或單生。在景區廣有分布。
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