黃山生態系統穩定平衡，植物垂直分帶明顯，群落完整，森林覆蓋率為56%，植被覆蓋率達83%。黃山野生植物有1452種，黃山上屬國家一類保護的有水杉，二類保護的有銀杏等4種，三類保護的8種，有石斛等10個物種屬瀕臨滅絕的物種，6種為中國特有種，黃山特有2種，首次在黃山發現或以黃山命名的植物有28種，尤以名茶“黃山毛峰”、名藥“黃山靈芝”。黃山市具有豐富的森林資源，全市自然分布著七百多種樹木，加上引種培育的樹種，共有1000多種之多。其中，經濟價值較高的約有1000種，屬于國家重點保護的珍貴樹種有香果樹，紅楠，花櫚木，紅椿；省定保護木種有金錢松，南方鐵彬，三尖杉，銀杏，掌楸，黃山木蘭，樟樹，天目木姜子、連香權、領春木、天女花、青錢杉和中華獼猴桃等15種；還有黃山松、華東黃杉、紅豆杉、光皮樺和青檀等樹種，屬于優良建筑用材的樹種，約有一百余種，主要為杉、松、檫、樟、楠、楮、栲等。杉木多分布在休寧流口和溪口，松樹多分布于祁門、黟縣和黃山區，毛竹主要分布在休寧、黃山區和祁門，其它雜木主要分布在牯牛降和清涼峰，以及祁門、黟縣、歙縣和黃山區。全市森林覆蓋率為73%，木材蓄積量為2400萬立方米，毛竹約5000萬根，年產茶葉2.5萬噸左右，是華東木材的重要產地和著名的茶葉產區。
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