墓區分布
墓區總體布局分為兩部分，一是蜿蜒曲折的陵墓神道，二是陵寢主體建筑，即朱元璋葬地。明孝陵寢主體建筑包括文武方門（即正門）、享殿、方城、明樓、寶頂（即崇丘），皆按傳統的中軸線配制，并筑有圍墻。明孝陵“前朝后寢、前方后圓”的陵宮布局設計和方城明樓、寶城寶頂等建筑形式，開創了中國明清帝王陵寢建設規制的先河，被譽為中國帝陵發展史上的一座里程碑。

神道
神道是從下馬坊至明孝陵正門，長達2400米，曲折幽深，一改中國傳統帝陵神道筆直的格局。神道又分為石象路與翁仲路兩段，兩邊的石雕是一大亮點，分別立有高大的石獸12對和文臣、武將各2對。石雕由整塊石料雕鑿而成，造型簡樸、圖案清晰、工藝精湛。每到秋季，這里的銀杏和紅楓也是一景，吸引著大批熱愛攝影的游客。

享殿
享殿也叫孝陵殿，本來是供奉朱元璋和馬皇后神位之處，原殿已毀，尚存3層須彌座臺基、6塊浮雕云龍山水大陛石。現在這里是明孝陵史料陳列室。

方城
方城是孝陵寶頂前面的一座巨大建筑，外部用大條石建成，底部為須彌座。而明樓就在方城之上，原本的黃瓦大屋頂已毀，后來進行了修復。沿著方城左右兩側的步道即可登上明樓。

寶頂
方城以北則是直經約400米的寶頂，也稱寶城，是朱元璋和馬皇后的寢宮所在地。從方城前正中的拱門進去，里面是圓拱形隧道，爬54級臺階走出隧道，外面就是寶頂南墻，墻上有后人刻的“此山明太祖之墓”，到這里就不能再往前了。寶頂下面是朱元璋墓的地宮，沒有進行挖掘。

梅花園和櫻花園
梅花山在明孝陵正南邊，遍植梅花，山下有梅花谷，共13000余株梅樹，每年春季（一般為2月-3月期間）會舉辦“南京國際梅花節”；梅花山上還可以看到孫權墓。神道石象路附近有櫻花園，每到3月底4月初來此賞櫻的游客絡繹不絕。紅樓文藝苑是一處體現紅樓文化和濃郁江南風格的園林景觀。而最北邊的紫霞湖則是避暑納涼的佳地。