惠山寺的主要建筑沿東西走向的中軸線排布，一山門開在最東邊，名古華山門，山門后立著兩座石經幢，一座是唐代的，另一座是宋代的。往前是二層閣樓模樣的二山門，即金剛殿，一層掛“惠山寺”匾額，二層掛“江南第一山”匾額，殿內供奉哼哈二將。再往前是有三個拱門的天王殿，供奉四大金剛。

穿過天王殿，便到了整個寺廟最精華的部分。一方庭院中，無錫最古老的石橋宋代金蓮橋鋪于面前，橋兩側刻著漂亮的花紋，夏天橋下池塘金蓮花盛開，分外迷人。出于文物保護需要，橋上不能走人。橋對面是乾隆御碑亭。從橋旁繞行到庭院中央，明洪武銀杏枝葉參天，秋天來賞銀杏最好，金黃的樹葉鋪了一地。銀杏下有一唐代聽松石床，唐代書法家李陽冰在石床上用篆體寫了“聽松”兩字。庭院的一側還有現代新建的鐘亭，內置仿唐銅鐘。庭院后邊的大同殿只見門坊不見殿，穿過門，便是主殿大雄寶殿，殿中供奉釋迦牟尼、文殊、普賢。

不在寺廟中軸線上的建筑有供著千手觀音的大悲閣，藏經樓（貝葉散香）等。站在大悲閣前往東眺望，能見到錫山上的無錫地標之一龍光塔。由惠山寺往南走可到達天下第二泉，金蓮橋向北通向寄暢園。

每年12月31日，惠山寺會舉行撞鐘迎新活動，各菩薩生日、佛教重要節日也會舉行法會。